Muss beim Einsatz von System Center 2012 R2 der Management Server und die zu verwaltenden Endgeräte lizenziert werden?

Nein, Sie müssen nur sicherstellen, ausreichend Lizenzen für die zu verwaltenden Endgeräte (Clients + Server) vorzuhalten. Der Managementserver selbst benötigt keine Lizenz.

Quelle: Licensing Factsheet System Center 2012 R2